被系统标记为预付式经营主体有四个原因:一是经营主体在登记注册过程中自主勾选了“从事预付式经营”标签;二是经营主体从事预付式经营主动入驻银行机构预付式监管平台;三是政府部门在摸排检查过程中发现主体从事预付式经营将其纳入管理;四是消费者通过深圳市市场监督管理局官方微信公众号“预付码上查”平台主动申报了预付式经营主体信息。